本文介绍协同创新中心，杨万岭生物信息团队生物信息服务器集群架设过程中软件环境的部署与搭建，作为搭建生物信息分析平台的一部分，是分析数据的关键所在。
一、客户端配置
1、服务器一般放在机房，而且是多人使用的，所以通常都是通过自己的电脑远程登录到服务器上进行操 作，这有点像 QQ 里的远程控制。要登录到一台服务器，你需要知道：
- 服务器IP地址
- SSH端口号（默认为22）
- 服务器用户名
- 用户密码
2、不同登录方式工具的配置
- 从windows登陆：putty、mobaXterm
- 从Linux/macOS登陆：自带terminal
3、传输数据
推荐使用fileZilla，通过站点管理配置选择SFTP协议，输入SSH端口号与密码，实现与服务器互联，然后就可以实现本地与服务器的数据传输了。
二、Linux常见命令
1、cd命令
这是一个非常基本，也是大家经常需要使用的命令，它用于切换当前目录，它的参数是要切换到的目录的路径，可以是绝对路径，也可以是相对路径。如：
cd /root/Docements # 切换到目录/root/Docements
cd ./path # 切换到当前目录下的path目录中，“.”表示当前目录
cd ../path # 切换到上层目录中的path目录中，“..”表示上一层目录
2、ls命令
这是一个非常有用的查看文件与目录的命令，list之意，它的参数非常多，下面就列出一些我常用的参数吧，如下：
-l ：列出长数据串，包含文件的属性与权限数据等
-a ：列出全部的文件，连同隐藏文件（开头为.的文件）一起列出来（常用）
-d ：仅列出目录本身，而不是列出目录的文件数据
-h ：将文件容量以较易读的方式（GB，kB等）列出来
-R ：连同子目录的内容一起列出（递归列出），等于该目录下的所有文件都会显示出来
注：这些参数也可以组合使用，下面举两个例子：
ls -l #以长数据串的形式列出当前目录下的数据文件和目录
ls -lR #以长数据串的形式列出当前目录下的所有文件
3、grep命令
该命令常用于分析一行的信息，若当中有我们所需要的信息，就将该行显示出来，该命令通常与管道命令一起使用，用于对一些命令的输出进行筛选加工等等，它的简单语法为
grep [-acinv] [--color=auto] '查找字符串' filename
它的常用参数如下：
-a ：将binary文件以text文件的方式查找数据
-c ：计算找到‘查找字符串’的次数
-i ：忽略大小写的区别，即把大小写视为相同
-v ：反向选择，即显示出没有‘查找字符串’内容的那一行
4、find命令
find是一个基于查找的功能非常强大的命令，相对而言，它的使用也相对较为复杂，参数也比较多，所以在这里将给把它们分类列出，它的基本语法如下：
find [PATH] [option] [action]
# 与时间有关的参数：
-mtime n : n为数字，意思为在n天之前的“一天内”被更改过的文件；
-mtime +n : 列出在n天之前（不含n天本身）被更改过的文件名；
-mtime -n : 列出在n天之内（含n天本身）被更改过的文件名；
-newer file : 列出比file还要新的文件名
# 与用户或用户组名有关的参数：
-user name : 列出文件所有者为name的文件
-group name : 列出文件所属用户组为name的文件
-uid n : 列出文件所有者为用户ID为n的文件
-gid n : 列出文件所属用户组为用户组ID为n的文件
# 与文件权限及名称有关的参数：
-name filename ：找出文件名为filename的文件
-size [+-]SIZE ：找出比SIZE还要大（+）或小（-）的文件
-tpye TYPE ：查找文件的类型为TYPE的文件，TYPE的值主要有：一般文件（f)、设备文件（b、c）、
目录（d）、连接文件（l）、socket（s）、FIFO管道文件（p）；
-perm mode ：查找文件权限刚好等于mode的文件，mode用数字表示，如0755；
-perm -mode ：查找文件权限必须要全部包括mode权限的文件，mode用数字表示
-perm +mode ：查找文件权限包含任一mode的权限的文件，mode用数字表示
5、cp命令
该命令用于复制文件，copy之意，它还可以把多个文件一次性地复制到一个目录下，它的常用参数如下：
-a ：将文件的特性一起复制
-p ：连同文件的属性一起复制，而非使用默认方式，与-a相似，常用于备份
-i ：若目标文件已经存在时，在覆盖时会先询问操作的进行
-r ：递归持续复制，用于目录的复制行为
-u ：目标文件与源文件有差异时才会复制
6、mv命令
该命令用于移动文件、目录或更名，move之意，它的常用参数如下：
-f ：force强制的意思，如果目标文件已经存在，不会询问而直接覆盖
-i ：若目标文件已经存在，就会询问是否覆盖
-u ：若目标文件已经存在，且比目标文件新，才会更新
注：该命令可以把一个文件或多个文件一次移动一个文件夹中，但是最后一个目标文件一定要是“目录”。
例如：
mv file1 file2 file3 dir # 把文件file1、file2、file3移动到目录dir中
mv file1 file2 # 把文件file1重命名为file2
7、rm命令
该命令用于删除文件或目录，remove之间，它的常用参数如下：
-f ：就是force的意思，忽略不存在的文件，不会出现警告消息
-i ：互动模式，在删除前会询问用户是否操作
-r ：递归删除，最常用于目录删除，它是一个非常危险的参数
例如：
rm -i file # 删除文件file，在删除之前会询问是否进行该操作
rm -fr dir # 强制删除目录dir中的所有文件
8、ps命令
该命令用于将某个时间点的进程运行情况选取下来并输出，process之意，它的常用参数如下：
-A ：所有的进程均显示出来
-a ：不与terminal有关的所有进程
-u ：有效用户的相关进程
-x ：一般与a参数一起使用，可列出较完整的信息
-l ：较长，较详细地将PID的信息列出
其实我们只要记住ps一般使用的命令参数搭配即可，它们并不多，如下：
ps aux # 查看系统所有的进程数据
ps ax # 查看不与terminal有关的所有进程
ps -lA # 查看系统所有的进程数据
ps axjf # 查看连同一部分进程树状态
9、kill命令
该命令用于向某个工作（%jobnumber）或者是某个PID（数字）传送一个信号，它通常与ps和jobs命令一起使用，它的基本语法如下：
kill -signal PID
signal的常用参数如下：
注：最前面的数字为信号的代号，使用时可以用代号代替相应的信号。
1：SIGHUP，启动被终止的进程
2：SIGINT，相当于输入ctrl+c，中断一个程序的进行
9：SIGKILL，强制中断一个进程的进行
15：SIGTERM，以正常的结束进程方式来终止进程
17：SIGSTOP，相当于输入ctrl+z，暂停一个进程的进行
10、killall命令
该命令用于向一个命令启动的进程发送一个信号，它的一般语法如下：
killall [-iIe] [command name]
它的参数如下：
-i ：交互式的意思，若需要删除时，会询问用户
-e ：表示后面接的command name要一致，但command name不能超过15个字符
-I ：命令名称忽略大小写
# 例如：
killall -SIGHUP syslogd # 重新启动syslogd
11、file命令
该命令用于判断接在file命令后的文件的基本数据，因为在Linux下文件的类型并不是以后缀为分的，所以这个命令对我们来说就很有用了，它的用法非常简单，基本语法如下：
file filename
12、tar命令
该命令用于对文件进行打包，默认情况并不会压缩，如果指定了相应的参数，它还会调用相应的压缩程序（如gzip和bzip等）进行压缩和解压。它的常用参数如下：
-c ：新建打包文件
-t ：查看打包文件的内容含有哪些文件名
-x ：解打包或解压缩的功能，可以搭配-C（大写）指定解压的目录，注意-c,-t,-x不能同时出现在同一条命令中
-j ：通过bzip2的支持进行压缩/解压缩
-z ：通过gzip的支持进行压缩/解压缩
-v ：在压缩/解压缩过程中，将正在处理的文件名显示出来
-f filename ：filename为要处理的文件
-C dir ：指定压缩/解压缩的目录dir
上面的解说可以已经让你晕过去了，但是通常我们只需要记住下面三条命令即可：
压缩：tar -jcv -f filename.tar.bz2 要被处理的文件或目录名称
查询：tar -jtv -f filename.tar.bz2
解压：tar -jxv -f filename.tar.bz2 -C 欲解压缩的目录
注：文件名并不定要以后缀tar.bz2结尾，这里主要是为了说明使用的压缩程序为bzip2
13、cat命令
该命令用于查看文本文件的内容，后接要查看的文件名，通常可用管道与more和less一起使用，从而可以一页页地查看数据。例如：
cat text | less # 查看text文件中的内容
# 注：这条命令也可以使用less text来代替
14、chgrp命令
该命令用于改变文件所属用户组，它的使用非常简单，它的基本用法如下：
chgrp [-R] dirname/filename
-R ：进行递归的持续对所有文件和子目录更改
15、chown命令
该命令用于改变文件的所有者，与chgrp命令的使用方法相同，只是修改的文件属性不同，不再详述。
16、chmod命令
该命令用于改变文件的权限，一般的用法如下：
chmod [-R] xyz 文件或目录
-R：进行递归的持续更改，即连同子目录下的所有文件都会更改
同时，chmod还可以使用u（user）、g（group）、o（other）、a（all）和+（加入）、-（删除）、=（设置）跟rwx搭配来对文件的权限进行更改。
三、服务器软件安装
1、Bioconda ： 一款生物信息软件管理工具，可以实现软件自动化安装全过程
sudo yum -y install bioconda
2、conda：可以选择Anaconda或者miniconda，miniconda更小，能够满足基本的生物信息使用、网速不好、或硬盘较小的服务器推荐。Anaconda则更加稳定。
#下载 Anaconda
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-5.2.0-Linux- x86_64.sh
#安装 Anaconda, 根据提示安装
bash Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
#重新加载环境变量
source ~/.bashrc
配置Chanels的方法：修改～/.condra文件:
channels:
- bioconda
- conda-forge -r
- defaults
3、使用conda安装软件#搜索可以安装的软件版本conda search bwa
#安装bwa
conda install bwa
#查看已经安装的软件
conda list
#升级软件
conda update bwa
#卸载软件
conda remove bwa
