济宁医学院杨万岭生物信息研究中心于2019年11月在国际著名杂志《Molecular Therapy-Nucleic Acids》(IF=5.919)发表文章“Identification of Regulatory Modules That Stratify Lupus Disease Mechanism through Integrating Multi-Omics Data”，该文章从一个新的视角阐明了SLE疾病的调控机制，为未来的SLE疾病的分子机制研究提供了一个新方向。
系统性红斑狼疮(SLE)是一种临床异质性极强的慢性自身免疫性疾病。近年来，基因组广泛关联研究(GWASs)显著提高了我们对SLE遗传结构的理解，虽然遗传学研究已经阐明了SLE，但其具体机制仍不清楚。在这项研究中，我们主要进行以下三项工作：
1. 利用SLE转录组数据集，在T淋巴细胞和B淋巴细胞及外周血细胞中鉴定了750个差异表达基因(DEGs)。
2. 利用ChIP-seq实验获得的转录因子(TF)结合数据，基于显著富集的TFs上调DEGs的结合谱推断出共调节基因(NcRGs)网络。
3. 通过对NcRGs的模块化分析，确定了DEGs和主要的 TFs之间的共调节模块。这些共调节模块对常见的SLE干扰素(IFN)信号进行了分层，并揭示了SLE的发病途径，包括补体级联、细胞周期调节、NETosis和表观遗传修饰。通过对疾病相关基因(DAGs)、DEGs、TFs富集以及与其相互作用的蛋白的整合分析，我们发现了一个由DAGs调控TFs的分级级联调控，进而调控基因表达。我们所使用的这些分析策略可能为解释大规模数据集提供了一种新的方法，这些发现也可能会扩展我们对基因表达调控及其在SLE发病机制中的作用的理解。
